Vegetación
El paisaje vegetal de los Lagos de Covadonga está determinado por las condiciones climáticas, la altitud, la disposición del relieve y el tipo de roquedo, y la secular acción humana que se ha venido realizando durante siglos en este territorio. Por tanto, el mosaico vegetal predominante en los Lagos de Covadonga es amplio, integrado principalmente por el estrato herbáceo, la vegetación arbustiva (árgomas, aulagares, brezales, helechales, lastonares y tojales), la vegetación arbórea de haya y acebo, comunidades de plantas adaptadas a la alta humedad (especialmente juncales), plantas flotantes y comunidades rupícolas que se asientan sobre el roquedo. En las majadas más cercanas a los dos lagos, también abundan, además de los acebos, espineras de majuelos y endrinos, así como los fresnos.
Fauna
Los bosques del entorno son el hogar de un gran número de mamíferos (ciervos, corzos, zorros y jabalíes) y de aves (lechuzas, pájaros carpinteros). Las pedreras de roca caliza son el hábitat natural del rebeco, el buitre y el águila real. Destaca la presencia de numerosas especies de aves acuáticas como es el caso del ánade y la focha común. Otras aves que son fáciles de observar son las chovas, que sobrevuelan habitualmente las áreas donde están los humanos para buscar alimento. En cuanto a los reptiles y anfibios es importante mencionar la salamandra rabilarga.
Geomorfología
El entorno de los lagos Enol y Ercina fue ocupado por los hielos durante la Última Glaciación del periodo Cuaternario, generada por un importante descenso en la temperatura media del planeta. Los hielos glaciares abrieron valles, excavaron depresiones y depositaron materiales sedimentarios originando así numerosas huellas glaciares en el paisaje. Una vez retirados los hielos, los procesos de disolución de la caliza (karstificación) han dando lugar a múltiples formas en las rocas, cuevas y algunas de las simas más profundas del mundo.
Actividades humanas
En las inmediaciones de Los Lagos aparecen diseminadas cabañas de pastores que atestiguan la importante historia pastoril de los Picos de Europa. En las numerosas cuevas y cavidades de origen kárstico cercanas a los Lagos de Covadonga, en donde las condiciones constantes de humedad y temperatura favorecen la proliferación del hongo penicilium, nace el afamado queso Gamonéu del Puertu, de sabor ahumado ligeramente picante y un aroma suave. La abundancia de hierro y manganeso en el macizo Occidental de los Picos de Europa supuso la explotación minera del entorno de los Lagos de Covadonga por parte de empresas mineras, sobre todo extranjeras. Se construyó la carretera a los Lagos, se trazaron numerosos caminos mineros y se construyeron diversas edificaciones y artilugios, de los que todavía hoy se conservan sus vestigios.